תמיר טולר

תמיר טולר
עיסוק	מדען מחשב, ביולוג סינתטי
מקום לימודים	אוניברסיטת תל אביב; הטכניון - מכון טכנולוגי לישראל;
מנחה לדוקטורט	בן-ציון שור, נתן נלסון, ענת אחירון, איתן רופין
מוסדות	אוניברסיטת תל אביב
פרסים והוקרה	פרס יולודן (2016)
	https://www.cs.tau.ac.il/~tamirtul/
תרומות עיקריות
	פיתוח דרכים חדשות ליצירת מודלים של ביטוי גנים והנדסתם

תמיר טולר הוא מדען מחשב, מהנדס, ביולוג סינתטי ויזם ישראלי, פרופסור מן המניין בפקולטה להנדסה ע"ש איבי ואלדר פליישמן באוניברסיטת תל אביב, ומופקד הקתדרה לביולוגיה סינתטית חישובית. המייסד והמדריך הראשי של התוכנית הבינלאומית למכונות מהונדסות גנטית (iGEM) באוניברסיטת תל אביב.^[1]^[2]

ביוגרפיה

טולר החל את לימודי התואר הראשון שלו במסגרת העתודה האקדמית ב-1992.

הוא השלים ארבעה תארים ראשונים, רובם מאוניברסיטת תל אביב: תואר ראשון בהנדסת חשמל, הנדסת מכונות (אווירודינמיקה), מדעי המחשב, כלכלה וניהול. סיים שני תארים שניים – בהנדסת חשמל (מהטכניון, בהנחיית פרופ' יעקב זיו), ובמדעי המחשב (מאוניברסיטת תל אביב), ושני דוקטורטים מאוניברסיטת תל אביב – אחד במדעי המחשב (בהנחיית הפרופסורים בני שור ונתן נלסון) ואחד במדעי הרפואה (בהנחיית הפרופסורים ענת אחירון ואיתן רופין).

טולר היה עמית בתר-דוקטורט ע"ש ספרא באוניברסיטת תל אביב, בבית הספר למדעי המחשב וכן במחלקה למיקרוביולוגיה מולקולרית וביוטכנולוגיה, ולאחר מכן במכון ויצמן למדע, במחלקה לגנטיקה מולקולרית ובפקולטה למתמטיקה ומדעי המחשב.

הוא הצטרף למחלקה להנדסה ביו-רפואית באוניברסיטת תל אביב ב-2011 וב-2018 הפך לפרופסור מן המניין, במחלקה להנדסה ביו-רפואית ובמרכז אדמונד י' ספרא לביואינפורמטיקה.^[3]

מחקר

טולר עוסק במחקר בין-תחומי בנושא ביטוי גנים על בסיס כלים שונים מדיסציפלינות כמו מדעי המחשב, הנדסה, אבולוציה מולקולרית, ביופיזיקה וסטטיסטיקה. במוקד מחקרו ניצב פיתוח דרכים חדשות ליצירת מודלים של ביטוי גנים והנדסתם, כגון גישות להבנה משופרת של קידוד ביטוי גנים בחומר הגנטי. מודלים שפיתח משמשים למטרות שונות בביוטכנולוגיה ובפארמה: פיתוח חיסונים, מודלים של מחלות הומניות, טכנולוגיית מזון והנדסת נוגדנים.

בין הישגיו המחקריים לאורך השנים ניתן למנות:

האצת הדמיות של תא שלם של תרגום mRNA באמצעות חומרה ייעודית^[4]
הערכת כוח הניבוי של מוטציות שקטות על סיווג סרטן ופרוגנוזה^[5]
אלגוריתמים להנדסת תעבורת ריבוזומים והפוטנציאל שלהם בשיפור הכיל וקצב הגדילה של תאים מארחים^[6]
הדגמה ברזולוציה גבוהה של הבחירה על כוח קיפול mRNA מקומי ברצפי קידוד על פני עץ החיים^[7]
פתרון חידת האבולוציה של תרגום מבוסס Shine-Dalgarno בכלורופלסטים^[8]
תובנות חדשות לגבי ויסות ביטוי גנים במהלך מיוזיס שנחשפו על ידי דינמיקת התארכות תרגום^[9]
ChimeraUGEM: מודל ביטוי גנים ללא פיקוח בכל אורגניזם נתון^[10]

מלבד פעילותו המחקרית באקדמיה, טולר גם היה מהנדס בקבוצת DSP בתכנון שבבי VLSI. הוא שימש כמייסד ומדען ראשי של החברות Synvaccine Ltd ו-Imagindairy Ltd וכיועץ לחברות ביוטכנולוגיה נוספות.^[11]^[11]

טולר הוא מחבר של מעל 150 מאמרים אקדמיים בעיתונים מדעיים מובילים ופרסם מאות תקצירים ומאמרים בכנסים. לזכותו רשומים פטנטים רבים.

פרסים והוקרה

פרס יולודן, מטעם הטכניון (2016)^[12]
פרס קשתות מינרווה
מלגת המרכז למדעי הסיבוכיות ע"ש ישעיה הורוביץ
מלגת קושלנד לעמיתי בתר-דוקטורט מצטיינים, מטעם מכון ויצמן למדע
פרס קרן אסי שנידמן לחוקרים צעירים מצטיינים, מטעם המרכז הרפואי שיבא תל השומר

קישורים חיצוניים

מדיה וקבצים בנושא תמיר טולר בוויקישיתוף

אתר האינטרנט הרשמי של תמיר טולר (באנגלית)
תמיר טולר, באתר dblp
תמיר טולר, באתר גוגל סקולר
דף אישי באתר אוניברסיטת תל אביב
תמיר טולר, באתר ResearchGate

הערות שוליים

^ "Team:TAU Israel/Team - 2019.igem.org". 2019.igem.org. נבדק ב-2022-01-26.
^ "Team:TAU Israel/Instructors - 2020.igem.org". 2020.igem.org. נבדק ב-2022-01-26.
^ "About". imagindairy (באנגלית אמריקאית). נבדק ב-2022-01-26.
^ Shallom, David; Naiger, Danny; Weiss, Shlomo; Tuller, Tamir (2021-12-17). "Accelerating Whole-Cell Simulations of mRNA Translation Using a Dedicated Hardware". ACS Synthetic Biology. 10 (12): 3489â€“3506. doi:10.1021/acssynbio.1c00415. PMC 8689694. PMID 34813269.
^ Gutman, Tal; Goren, Guy; Efroni, Omri; Tuller, Tamir (2021-08-12). "Estimating the predictive power of silent mutations on cancer classification and prognosis". npj Genomic Medicine (באנגלית). 6 (1): 1â€“15. doi:10.1038/s41525-021-00229-1. ISSN 2056-7944.
^ Zur, Hadas; Cohen-Kupiec, Rachel; Vinokour, Sophie; Tuller, Tamir (2020-12-03). "Algorithms for ribosome traffic engineering and their potential in improving host cells' titer and growth rate". Scientific Reports (באנגלית). 10 (1): 21202. doi:10.1038/s41598-020-78260-y. ISSN 2045-2322.
^ Peeri, Michael; Tuller, Tamir (2020-03-09). "High-resolution modeling of the selection on local mRNA folding strength in coding sequences across the tree of life". Genome Biology. 21 (1): 63. doi:10.1186/s13059-020-01971-y. ISSN 1474-760X. PMC 7063772. PMID 32151272.
^ Weiner, Iddo; Shahar, Noam; Marco, Pini; Yacoby, Iftach; Tuller, Tamir (2019-12-01). "Solving the Riddle of the Evolution of Shine-Dalgarno Based Translation in Chloroplasts". Molecular Biology and Evolution. 36 (12): 2854â€“2860. doi:10.1093/molbev/msz210. ISSN 0737-4038.
^ Sabi, Renana; Tuller, Tamir (2019-04-04). "Novel insights into gene expression regulation during meiosis revealed by translation elongation dynamics". npj Systems Biology and Applications (באנגלית). 5 (1): 1â€“12. doi:10.1038/s41540-019-0089-0. ISSN 2056-7189.
^ Diament, Alon; Weiner, Iddo; Shahar, Noam; Landman, Shira; Feldman, Yael; Atar, Shimshi; Avitan, Meital; Schweitzer, Shira; Yacoby, Iftach; Tuller, Tamir (2019-09-15). "ChimeraUGEM: unsupervised gene expression modeling in any given organism". Bioinformatics. 35 (18): 3365â€“3371. doi:10.1093/bioinformatics/btz080. ISSN 1367-4803.
^ ¹ ² "Meet The Team". synvaccine (באנגלית). נבדק ב-2022-01-26.
^ "Juludan Research Prize Winners 2016 â€" Executive Vice President for Research". manlam.net.technion.ac.il. נבדק ב-2022-01-26.

[1] "Team:TAU Israel/Team - 2019.igem.org". 2019.igem.org. נבדק ב-2022-01-26.

[2] "Team:TAU Israel/Instructors - 2020.igem.org". 2020.igem.org. נבדק ב-2022-01-26.

[3] "About". imagindairy (באנגלית אמריקאית). נבדק ב-2022-01-26.

[4] Shallom, David; Naiger, Danny; Weiss, Shlomo; Tuller, Tamir (2021-12-17). "Accelerating Whole-Cell Simulations of mRNA Translation Using a Dedicated Hardware". ACS Synthetic Biology. 10 (12): 3489â€“3506. doi:10.1021/acssynbio.1c00415. PMC 8689694. PMID 34813269.

[5] Gutman, Tal; Goren, Guy; Efroni, Omri; Tuller, Tamir (2021-08-12). "Estimating the predictive power of silent mutations on cancer classification and prognosis". npj Genomic Medicine (באנגלית). 6 (1): 1â€“15. doi:10.1038/s41525-021-00229-1. ISSN 2056-7944.

[6] Zur, Hadas; Cohen-Kupiec, Rachel; Vinokour, Sophie; Tuller, Tamir (2020-12-03). "Algorithms for ribosome traffic engineering and their potential in improving host cells' titer and growth rate". Scientific Reports (באנגלית). 10 (1): 21202. doi:10.1038/s41598-020-78260-y. ISSN 2045-2322.

[7] Peeri, Michael; Tuller, Tamir (2020-03-09). "High-resolution modeling of the selection on local mRNA folding strength in coding sequences across the tree of life". Genome Biology. 21 (1): 63. doi:10.1186/s13059-020-01971-y. ISSN 1474-760X. PMC 7063772. PMID 32151272.

[8] Weiner, Iddo; Shahar, Noam; Marco, Pini; Yacoby, Iftach; Tuller, Tamir (2019-12-01). "Solving the Riddle of the Evolution of Shine-Dalgarno Based Translation in Chloroplasts". Molecular Biology and Evolution. 36 (12): 2854â€“2860. doi:10.1093/molbev/msz210. ISSN 0737-4038.

[9] Sabi, Renana; Tuller, Tamir (2019-04-04). "Novel insights into gene expression regulation during meiosis revealed by translation elongation dynamics". npj Systems Biology and Applications (באנגלית). 5 (1): 1â€“12. doi:10.1038/s41540-019-0089-0. ISSN 2056-7189.

[10] Diament, Alon; Weiner, Iddo; Shahar, Noam; Landman, Shira; Feldman, Yael; Atar, Shimshi; Avitan, Meital; Schweitzer, Shira; Yacoby, Iftach; Tuller, Tamir (2019-09-15). "ChimeraUGEM: unsupervised gene expression modeling in any given organism". Bioinformatics. 35 (18): 3365â€“3371. doi:10.1093/bioinformatics/btz080. ISSN 1367-4803.

[SYVN-11] ¹ ² "Meet The Team". synvaccine (באנגלית). נבדק ב-2022-01-26.

[12] "Juludan Research Prize Winners 2016 â€" Executive Vice President for Research". manlam.net.technion.ac.il. נבדק ב-2022-01-26.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]