משתמש:MichalWermer/עמותה

עמותה היא אחד מן הסוגים של ארגונים הפועלים ללא כוונת רווח, (מכונה גם "ישות שאינה עסקית") הפועלים על פי רוב לקידום מטרות ציבוריות וערכים חברתיים ונכללים בתוך ארגוני "המגזר השלישי".

ארגון ללא כוונת רווח

ארגון ללא כוונת רווח הוא ארגון שהוקם על ידי קבוצת אנשים בכדי להשיג מטרה משותפת שאיננה רווח, כלומר, ללא כוונה של חלוקת הכנסות עודפות לחברים או לבעלים. ארגונים אלו מוקדשים לעתים קרובות לקידום מטרות חברתיות או ציבוריות או להבעת תמיכה בהן. במונחים כלכליים, ארגון ללא מטרות רווח משתמש בהכנסות העודפות שלו בכדי לקדם את מטרותיו או את המשימות למענן הוקם, במקום לחלקם לבעלי המניות של הארגון (או שוויים) כרווח או דיבידנדים. ההחלטה על אימוץ מבנה משפטי ללא מטרות רווח היא החלטה אשר לעתים קרובות יש לה השלכות מיסוי במיוחד כאשר הארגון מבקש פטור ממס הכנסה.

בישראל, עמותה היא הסוג הנפוץ ביותר של ארגון ללא כוונת רווח והיא תאגיד המורכב מקבוצה של בני-אדם או תאגידים אחרים אשר חברו יחד למען מטרה מסוימת (כאמור : לרוב מטרה ציבורית או חברתית), ונרשמו בפנקס העמותות על ידי רשם העמותות ברשות התאגידים במשרד המשפטים אשר מפקח על פעילותן.

ההבדל המרכזי בין עמותה לבין סוגים אחרים של ארגונים ללא מטרות רווח, הוא הממשל התאגידי החל עליה. כאשר פעולתה של עמותה מוסדרת באמצעות חוק העמותות, תש"ם-1980, המכיל רגולציה ומבנים תאגידיים בסיסיים מאוד. זאת לעומת חברה לתועלת הציבור, אשר הממשל התאגידי החל עליה מוסדר בחוק החברות תשנ"ט-1999 ומכיל כללים משוכללים יותר המאפשרים כלי ניהול ובקרה מגוונים. למעשה מדובר במבנה של ישות משפטית שהוכנס לחוק מאוחר יותר, על מנת לאפשר לארגונים ללא כוונת רווח להנות מיתרונות הממשל התאגידי של חברות. לפני שחוקק חוק העמותות, בתחילת שנות ה-80, המבנה התאגידי הדומה לעמותה היה אגודה עותמאנית ("אגודה").

נכון לשנת 2017 רשומות בישראל כ- 42,000 עמותות, רק כ- 20 אלף מהן פעילות באופן רשמי. לצידן רשומות בישראל כ-1200 חברות לתועלת הציבור. בכל שנה נרשמות בין 1,500–2,000 עמותות חדשות.

חברה אזרחית ומגזר שלישי

העמותות הן חלק מארגוני "המגזר השלישי" להבדיל משני המגזרים האחרים - העסקי והציבורי. תחומי הפעילות של המגזר השלישי בכלל והעמותות בפרט משיקים לעיתים לתחומי האחריות והסמכות של המגזר הציבורי עובדה המעוררת שורת שאלות מוסריות, חברתיות ומשפטיות. לעיתים קרובות, העמותות ממלאות תפקידים הנתפסים ככאלו שאמורים להיות בתחום אחריותה וטיפולה של הממשלה, למשל : הדאגה לצמצום העוני, הדאגה לקורבנות עברה, עיסוק בתחום החינוך, הדאגה לבעלי מוגבלויות ועוד. בנוסף, עמותות רבות נתמכות על ידי הממשלה, דבר המחזק את השאלה מדוע אין הממשלה מבצעת את התפקיד בעצמה. אחת הדוגמאות לשאלות המוסריות והחברתיות המתעוררות מקיומן של העמותות היא פעילותן של העמותות השונות העוסקות בתחום בתוך בתי הספר. עמותות אלו מקיימות בבתי הספר פעילויות בעלות מגוון אג'נדות חינוכיות שאינן מוסכמות בהכרח על ההורים באותם בתי ספר בהם הן פועלות.או עמותות הדואגות להעשרה חינוכית וקידומם של סקטורים מסוימים בחברה, בעוד שתחום החינוך אמור להיות שיוויוני, נגיש לכולם ואחד הכלים המרכזיים לצמצום פערים בחברה הישראלית.

מורכבות נוספת מתעוררת ביחסי הגומלין שבין המגזר השלישי ובין משרדי הממשלה הכלולים במגזר הציבורי : במקרים רבים זקוקים ארגוני המגזר השלישי לסיוע של המגזר הציבורי, הן לצורך קבל תמיכות והן לצורכי קידם מטרות שונות, אשר לעיתים טעונות הסכמה והיתר. אולם בעוד שהמגזר הציבורי כפוף לשורת כללים ומגבלות פורמליות (כגון תקשי"ר, חובת מכרזים, הנחיות חשכ"ל ועוד) המגזר השלישי, לפחות ברובו, אינו כפוף אליהן. זאת ועוד, המגזר הציבורי עוסק בקבלת החלטות מנהליות ותקציביות שונות מכח סמכותו החוקית, כניסתם לזירה של גורמים חיצוניים כגון ארגוני המגזר השלישי מעורר לעיתים קונפליקטים שונים בשאלות של סמכות ואחריות וכן קשיים ערכיים, משפטיים וארגוניים שונים.

אחד הכלים המרכזיים הקיימים כיום לשיתוף פעולה בין ארגוני המגזר השלישי והמגזר הציבורי הוא "שולחנות עגולים", המפורסם שבהם הוא הפורום במשרד ראש הממשלה. זהו גם אחד הכלים המשמעותיים לשיתוף הציבור בסוגיות השונות שעל הפרק. אל השולחנות העגולים מוזמנים גורמים רלבנטים ומעגלי בעלי ענין מחוץ לממשלה, לצורך ליבון הסוגיות השונות. כך למשל, תזכיר חוק העמותות החדש הנמצא בשלבי חקיקה, הוא תוצאה של אחד השולחנות העגולים בהובלת ראש רשות התאגידים והמשנה ליועץ המשפטי לממשלה (כלכלי פיסקלי) ובליווי משרד ראש הממשלה שאליו הוזמנו גורמים רבים, ובפרט גורמי המגזר השלישי, להביע דעה.

מודל מתקדם יותר של שיתופי פעולה, הם מיזמי קולקטיב אימפקט, אשר עוסקים בקידום המטרות הציבוריות והחברתיות, תוך רתימת כל השותפים הרלבנטים, זאת באופן מובנה לפי שיטה שפותחה בארה"ב. מודל קולקטיב אימפקט (collective impact) מבוסס על גישה חדשנית הטוענת שלצורך פתרון בעיה חברתית מסוימת נדרשת הסכמה, מחוייבות, פעולה והערכה משותפת של גורמים ממגזרים שונים.

דוגמאות מהארץ ומהעולם

מבין העמותות והארגונים הבולטים ללא כוונת רווח בישראל ניתן למנות את עמותת "יד שרה", העוסקת בהשאלת ציוד רפואי, קרן רש"י, הפועלת בתחומי החינוך והרווחה לילדים, בני נוער וצעירים במטרה ליצור תנאים המאפשרים שוויון הזדמנויות ומוביליות חברתית כבסיס לחוסן חברתי ולאומי. עמותת "רעות", הפועלת לטיפול ושיקום אוכלוסייה מבוגרת ומפעילה רשת דיור מוגן, מערכי ארוחות ומרכז רפואי המיועדים לקשישים, "החברה למתנ"סים" המפעילה מתנס"ים ומרכזים קהילתיים בישובים שונים, עמותת "עזר מציון", עמותה חרדית הפועלת בתחום שירותי הבריאות ועוד. בין הדוגמאות הבולטות בחו"ל, ניתן למצוא קרנות פילנטרופיות שהוקמו על ידי עשירי תבל שהחליטו להוריש את הונם למטרות צדקה שונות כדוגמת קרן ביל ומלינדה גייטס, ארגון "רופאים ללא גבולות" המעניק סיוע רפואי והומניטרי ומוכר בזכות פרויקטים באזורים מוכי מלחמה ומגיפות, המרכז הרפואי ע"ש הווארד יוז, ארגון רוטרי שהוא ארגון של מועדונים התנדבותיים הממוקמים בכל רחבי העולם במטרה לפעול למען הקהילה בתחומים חברתיים שונים ועוד.

מאפייני עמותה ישראלית

קיימים שלושה כללים מרכזיים אשר מבחינים בין המוסד המשפטי "עמותה" לבין תאגידים אחרים:

פעילות במסגרת המטרות המוצהרות בלבד.
איסור על חלוקת רווחים (אין מניעה לצבירה מסוימת של נכסים על ידי העמותה, אך אלה צריכים להיות מיועדים לקידום מטרותיה ולא לחלוקה לחבריה או עובדיה).
חברות אישית בעמותה שלא ניתן להעבירה, ולא מקנה לחבר זכויות קנייניות בעמותה.

תהליך הרישום

על מנת להירשם כעמותה על המייסדים לחתום על בקשה, ותצהיר בפני עורך דין המעיד על נכונותם לייסד עמותה. בנוסף לתצהיר יש לצרף תקנון, המפרט את דרך התנהלות העמותה וכן מציין את מטרות העמותה. לשלב זה חשיבות רבה בהמשך, שכן התקנון הוא מסמך היסוד של העמותה, המהווה כחוזה בין החברים לעמותה ובינם לבין עצמם, וכל שינוי עתידי בתקנון מצריך קיומה של ישיבה מיוחדת (אסיפה כללית של כלל חברי העמותה) ואישור מטעם רשם העמותות. שינוי מטרות למטרות רחוקות ממטרות העמותה מצריך אישור של בית משפט, בעוד שינוי מטרות למטרות קרובות הוא באישור הרשם.

התקנון הנפוץ ביותר, שגם מאפשר הליך רישום מהיר יותר, הוא תקנון מצוי, שהוא תקנון ברירת המחדל לפי חוק העמותות. עמותה המבקשת הכרה כמלכ"ר ברשויות המס, חייבת לצרף לכל תקנון, תוספת של שינויים, הנדרש, ע"י רשות המיסים שעיקרה כללים הקובעים כי נכסי העמותה לא ישמשו למטרת רווח וכי במקרה של פירוק העמותה, יועברו נכסי העמותה למוסד ציבורי אחר המוכר ע"י רשויות המס.

בנוסף לתצהיר המייסדים ותקנון העמותה יש לשלם אגרת רישום ( נכון לשנת 2017, עמותה המצהירה כי מחזורה פחות מ 300,000 ש"ח חייבת באגרה מופחתת) ומילוי טופס בקשת רישום עמותה הניתן על ידי משרד המשפטים. כלל הטפסים מוגשים ליחידת רשם העמותות אשר בוחנת את הבקשה ומחליטה על רישומה או אי-רישומה של העמותה. פרק הזמן הממוצע לאישור בקשת רישום מיום מסירת המסמכים הוא כשבעה ימי עסקים לעמותה המבקש להירשם עם תקנון מצוי ומגישה את מלוא המסמכים, ועד ל- 3 חודשים במקרה שיש צורך בבירורים והשלמות.

מוסדות גופים ופנקסים בעמותה

כל עמותה רשומה (ע"ר) חייבת, מכוח חוק העמותות, להקים את המוסדות הבאים :

אספה כללית - גוף הכולל את כלל חברי העמותה, והוא בעל סמכות קבלת ההחלטות הגבוהה ביותר בעמותה (מקביל בתפקידו לאסיפת בעלי מניות בחברה). לפי החוק יש לכנס אספה כללית לפחות אחת לשנה. אסיפה כללית מוסמכת לבצע שינויים בתקנון העמותה, להחליט על שינוי שם העמותה, המטרות או התקנון, לבחור את חברי הוועד וחברי ועדת הביקורת, להחליט על שינוי מטרות העמותה, מינוי רואה חשבון, הוצאת חברים מתוך העמותה וכן להחליט על פירוק העמותה. לכל חבר עמותה יש קול אחד באסיפה הכללית אלא אם קיימת קביעה אחרת בתקנון באופן התואם את הוראות החוק.

ועד מנהל - קבוצה של שניים או יותר מחברי העמותה אשר מנהלים את פעילות העמותה. ועד מנהל בעמותה מקביל בתפקידו לדירקטוריון בחברה. חברי הוועד המנהל אינם מקבלים שכר, אולם הם זכאים לגמול בגין השתתפות בישיבות, במגבלות שקבועות בתקנות והם מהווים את המנהיגות המתנדבת של העמותה אשר תפקידה בין היתר ליישם את החלטות האסיפה הכללית, לקבוע את מדיניות העמותה בכפוף להחלטות האסיפה הכללית. תפקידי הוועד המנהל מתחלקים לשני אשכולות: אשכול הפיקוח ואשכול המנהיגות. אשכול הפיקוח כולל את התפקידים הבאים: אישור תוכנית עבודה ותקציב, קביעת עקרונות למימון, בקרה תקופתית על פעילות העמותה - תכנון מול ביצוע, מינוי, הערכה ופיטורין של מנכ"ל העמותה והצוות הבכיר ואישור הדוח הכספי והבאתו לאסיפה הכללית. אשכול המנהיגות כולל ניסוח החזון והתווית התוכנית האסטרטגית של הארגון, השתתפות במאמץ גיוס המשאבים לארגון (כולל תרומה אישית של חברי הוועד), ייצוג הארגון מול קובעי מדיניות, תורמים ואחרים וחניכה וליווי של חברי ועד מנהל חדשים. בעמותות בהן אין צוות שכיר הוועד המנהל עוסק גם בניהול השוטף של העמותה. כאחראי גם על הצד הביצועי, הוועד אחראי על כתיבת תוכניות העבודה, תכנון התקציב ועוד. אשכול הבקרה בתפקידי הבקרה בעמותות ללא צוות שכיר הוא מורכב יותר לביצוע.

ועדת ביקורת - קבוצה של שניים או יותר מחברי העמותה אשר תפקידם לבקר את התנהלות העמותה ותקינותה בכל ההיבטים של פעילותה, לבדוק את העמותה ביחס ליעדיה, לעקוב אחרי יישום ההחלטות של האסיפה הכללית, ולהציע לחברי הוועד המנהל תיקוני ליקויים. על הוועד להוציא דוח ביקורת לפחות אחת לשנה. עמותה רשאית למנות רואה חשבון כגוף מבקר במקום ועדת ביקורת או גורם מקצועי אחר שאושר לצורך כך באופן פרטני ע"י רשם העמותות. רואה חשבון זה אינו יכול להיות רואה החשבון המבקר את הדוחות הכספיים של העמותה.
רואה חשבון - עמותה שהממחזור הכספי שלה עולה על סך מסוים (עומד כיום על 1,200,000) ש"ח חייבת במינוי רו"ח לצורך ביקורת ומתן חוות דעת על הדו"חות הכספיים שלה.
פנקס חברים - פנקס שבו ירשמו כל חבר, מענו, מספר זהותו, תאריך תחילת חברותו ותאריך פקיעתה.

עמותה רשאית לייסד מוסדות נוספים, אך עליה להסדיר דבר זה בתקנונה.

לא כל אדם יכול להתמנות לחבר ועד (מנהל או ביקורת). ההגבלות העיקריות בעניין הן שחבר הועד יהיה חבר עמותה, בגיר מעל גיל 18, אשר לא הוכרז כפסול דין, או פושט רגל, ולא הורשע במספר עבירות שצוינו בחוק, או בעבירה אחרת שלדעת רשם העמותות, מפאת מהותה, חומרתה או נסיבותיה, פוסלות אותו מלשמש חבר ועדת הביקורת. תאגיד אינו יכול לשמש כחבר ועד מנהל או ועדת ביקורת, אך נציגו שהוא אדם יכול להיות חבר, גם אם נציג עצמו אינו חבר בעמותה.

בנוסף, אדם הנותן שירותים בשכר לעמותה שלא עקב תפקידו כחבר ועד (מנהל או ביקורת), אינו יכול לכהן כחבר ועד בעמותה. ולכן חבר ועד איננו יכול להיות עובד בעמותה, נותן שירות כקבלן, או כל פעילות שבעטיה יקבל החבר כל תמורה מהעמותה. חברי ועד רשאים לקבל גמול ישיבה בגין השתתפותם בישיבות הוועד והחזר הוצאות כחברי ועד בכפוף להגבלות שבתקנות^[1].

אישור ניהול תקין

בשנת 1998 החליטה ממשלת ישראל שעל עמותה לקבל אישור ניהול תקין מרשם העמותות לפני שתוכל לקבל תמיכה מהמדינה (כספי תמיכות, הקצאת מבנים וכיוצא בזה)^[2]. מכח החלטה זו, קבע רשם העמותות כללים והנחיות שעל עמותה לקיים לצורך קבלת האישור. הנחיות הרשם מתיחסות ברובן לפרשנות חוק העמותות אולם הן כוללות גם מספר כללים מחמירים יותר מאשר הדרישות הכלליות הקיימות בחוק העמותות, בכגון הדרישה למינוי שני מורשי חתימה ואיסור שימוש במזומן.

רשימת ההנחיות והכללים לקבלת אישור ניהול תקין מפורסמת לציבור באתר האינטרנט של רשות התאגידים - רשם העמותות, כמו כן, קיימות הנחיות מפורטות בחוברת הנחיות של רשם העמותות שאף היא מפורסמת באתר.

אף שבפועל, פחות ממחצית העמותות הרשומות מבקשות אישור ניהול תקין, הרי שהעמותות שכן מבקשות את האישור מהוות את הרוב מכריע של העמותות המקיימות פעילות .

דיווח שנתי ואגרה שנתית

כל עמותה נדרשת להגיש לפחות אחת לשנה דין וחשבון על פעילותה לרשם העמותות, (וזאת עד לתאריך 30 ביוני בכל שנה) לגבי השנה הקודמת. החוק מחייב בהגשת דו"ח כספי המפרט את מצבה הכלכלי של העמותה אחת לשנה (כאשר הדו"ח מתייחס לשנת הכספים שהסתיימה), דו"ח מילולי המפרט את עיקר פעילות העמותה בשנה הקודמת להגשת הדו"ח וכן פרוטוקולים מהישיבות והדיונים של מוסדות העמותה- הוועד המנהל, ועדת הביקורת והאסיפה הכללית.

בנוסף למסמכים אלו, חייבת כל עמותה גם להגיש גם את רשימת חמשת מקבלי השכר הגבוה בעמותה, רשימת התרומות שהסכום השנתי שלהן מתורם יחיד עולה על 20,000 ₪ תוך פירוט שמות התורמים, דיווח על תביעות נגד העמותה או תביעות שהוגשו נגד נושאי משרה בה במסגרת תפקידם.

כלל הדיווחים פתוחים לעיון הציבור במסגרת תיק העמותה, אותו ניתן להזמין תמורת תשלום אגרה באתר האינטרנט של רשות התאגידים או במוקד הטלפוני של משרד המשפטים. חלק מהדיווחים ניתן לקבל ללא תשלום באתר הגיידסטאר המנוהל אף הוא על ידי משרד המשפטים, זאת לאחר מחיקת פרטים העלולים לפגוע בפרטיות.

רשם העמותות מפרסם מדי שנה הסדר אורכות דיווח לרואי חשבון, המאפשר להם להגיש עד לתאריך 30 ביוני כ 40% מהדו"חות בעמותות המיוצגות על ידם, ואת יתר הדו"חות במועדים נוספים. להסדר זה חשיבות פרקטית רבה, כיון שמעבר לקיום דרישות החוק, קבלת אישור ניהול תקין לשנה הבאה במועד, מותנית בהגשת מסמכים שוטפים הכוללים את הדו"ח השנתי במועד.

כמו כן נדרשת כל עמותה לשלם בכל שנה אגרה שנתית על המשך פעילותה, או לחלופין לספק תצהיר על פטור מאגרה (לעמותות שאינן משלמות שכר ו/או מלגות ומחזורן הכספי אינה עולה על 300,000 ש"ח)^[3].על פי תקנות שאושרו לאחרונה, החל משנת 2019 יבוטל הפטור, וסכום האגרה השנתית לכלל העמותות יהיה נמוך מהקיים כיום.

ניהול פיננסי

עמותה חייבת לנהל מערכת חשבונות שבה נרשמות הכנסותיה והוצאותיה. בעמותות ישנן כאלה שפעילותן הכספית מצומצמת ביותר ואף אפסית (עיקר הפעילות בהן מבוסס על הזמן שתורמים חברי העמותה), וכאלה שמחזורן מגיע למאות מיליוני ש"ח. האחריות על הניהול הפיננסי של העמותה מוטלת על חברי הוועד המנהל (חברי הוועד הם אלה שחותמים על הדו"חות הכספיים של העמותה מדי שנה), אך גם על ועדת הביקורת שתוודא שהניהול נעשה על פי חוק ועל פי תקנון העמותה והנחיות פנימיות אחרות של העמותה, במידה וקיימות כאלה.

עריכת הדו"חות הכספיים השנתיים של העמותה מוטלת על הוועד המנהל ולצורך זה הוא רשאי להיעזר בשירותיו של רואה חשבון. בעמותות שמחזורן העסקי עולה (נכון להיום) על 1,200,000 ש"ח קיימת חובה למנות רואה חשבון לביקור הדו"חות הכספיים. לרשם העמותות יש כללים מסוימים לגבי ההתנהלות הפיננסית ותשלומי משכורות, אולם אין במדיניות הרשם הגבלה על גובה המשכורות בעמותה. בעבר הועלו מספר הצעות להגבלת המשכורת ע"י ועדות ציבוריות ובמסגרת הצעת חוק, אך הצעות אלו לא אומצו.

הכנסות

מקורות המימון האפשריים של העמותות הם:

מימון ציבורי - מענקים וחוזים ממשלתיים, במסגרת תקציב המדינה, ומרשויות מקומיות. מענקים או תמיכות בשמם הממשלתי הם סכומי כסף המוענקים לעמותות שהגישו בקשות תמיכה ועמדו בקריטריונים מסוימים. חוזים ממשלתיים - ייתכן בדרך של מכרז ציבורי או של הכרה כספק יחיד - אשר מטרתם אספקת שירותים במקום משרדי הממשלה. המימון הציבורי מהווה כשני שלישים (בערך) ממקור ההכנסה של העמותות ^[^{דרוש מקור]}. תמיכה זו ניתנת לעתים כתוצאה ממיקור חוץ (פעולות שבוצעו בעבר על ידי משרדי הממשלה מבוצעות כעת על ידי עמותות שונות), לעמותות הפועלות בתחומים שהמדינה מבקשת לעודד. התמיכה ניתנת בהתאם לקריטריונים שונים הקבועים בתקנות - חלקם איכותיים וחלקם כמותיים. תמיכה זו הנה שוויונית ושקופה.
דמי חבר - תשלום שמשלמים חברי העמותה בגין חברותם, במידה והעמותה הגדירה תשלום מעין זה. תשלום זה לעתים אחיד לכל החברים, ולעתים תלוי במאפיין של החבר.
הכנסה עצמית - ההכנסות שמייצרות העמותות עצמן, כגון הכנסות מנכסים ותשלומים מלקוחות ומצרכני מוצרים/שירותים של העמותה. למשל בבתי חולים שהנן עמותות, החלק העיקרי של מחזורן הכספי נובע מהכנסות על שירותים רפואיים.
תרומות - יחידים, ארגונים עסקיים וקרנות התורמים לעמותות השונות. תרומה לרבות מהעמותות מעניקה לתורם זיכוי ממס הכנסה בסך 35% מסכום התרומה, לפי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה, זיכוי המהווה תמריץ מס. בדו"ח שמגישה העמותה לרשם העמותות עליה להציג בנפרד תרומות שמקורן בישות מדינית זרה.

סכום התקבולים מכל מקור וסוג, שהתקבלו במשך שנה, הוא המחזור של העמותה.

הוצאות

הרכב ההוצאות של העמותה תלוי במאפייני פעילותה. מרכיבי הוצאה כלליים:

הוצאות פעילות: עלויות המשמשות את העמותה לקידום מטרותיה כגון רכישת ציוד, קיום אירועים מיוחדים, הפעלת פרויקטים שונים, משכורת לאנשי מקצוע הפועלים בתחום מטרות העמותה, כמו רופאים בעמותה של בית חולים, או עורכי דין בעמותה משפטית וכדומה. הוצאות אלו אמורות להיות החלק העיקרי של מחזור הכספים בעמותה תקינה.
הוצאות תפעוליות: תשלום למנכ"ל העמותה, מזכירה, דמי שכירות (או הוצאות הקמה ותחזוקה) למבנים המשמשים את העמותה, עלויות תפעול של מבנים אלה, והוצאות תפעוליות נוספות (ציוד משרדי, אתר אינטרנט, פרסום וכדומה). הוצאות אלו בעמותות נקראות הוצאות הנהלה וכלליות. ככל שהעמותה רוצה לקבל תמיכה מהמדינה, או לקבל אישור לפי סעיף 46 מרשות המיסים, עליה לעמוד בכללים של רשויות אלו הקובעים הגבלה על אחוז ההוצאה התפעולית מכלל מחזור הכספים של העמותה, כאשר האחוז המרבי הוא לעמותה קטנה ועומד על רף של עד 22% ממחזור הכספים. ככל שמחזור הכספים גדול יותר העמותה נדרשת להוציא אחוז נמוך יותר על הוצאות תפעול.
גמול לחברי ועד העמותה, על פעילותם במוסדות העמותה, על פי השתתפות בישיבות. תקנות העמותות (גמול ליושב ראש ועד, לחבר ועד ולחבר ועדת ביקורת בעמותה), תשס"ט-2009 קובעות את הגמול המרבי, כפונקציה עולה של המחזור של העמותה. עם זאת, אין חובה לשלם גמול לחברי הוועדות על תפקידם ובפועל רוב העמותות מגייסות אנשים לתפקידים אלה על בסיס התנדבותי.
שכר: אין מניעה כי עמותה תעסיק עובדים (שאינם חברי ועד או ועדת ביקורת) ותשלם להם שכר.הוצאה זו אינה קיימת בעמותה המבוססת כולה על מתנדבים, אך פעמים רבות גם עמותה שעיקר פעילותה מבוסס על מתנדבים זקוקה לגרעין של עובדים בשכר. במקרים שבהם שירותי העמותה מצריכים עבודה מקצועית בהיקף נרחב (כגון עמותה המעניקה טיפול רפואי), יהיו מרבית הפעילים בה שכירים ולא מתנדבים.

פירוק, הבראה ומחיקת עמותות

ככל התאגידים, גם עמותה עלולה להקלע לקשיים, או לחדלות פרעון, ולעמוד בפני תביעות לפירוקה מצד נושים. אולם, בעוד שבתאגיד עסקי רגיל, הפיקוח על ריווחיותו ועמידתו בהתחייבותיו נעשה על ידי כוחות השוק וקשת בעלי ענין ואינטרס כגון נושים ובעלי מניות, בעמותה המצב שונה, כיון שכוחות השוק החופשיים אינם כוללים בעל ענין המפקח על הגשמת האינטרס הציבורי והחברתי שלשמו נוסדה העמותה. לפיכך, במסגרת כוחות וסמכויות הפיקוח של רשם העמותות שברשות התאגידים, קבע המחוקק כי הרשם הוא בעל מעמד רשמי הרשאי להגיש בקשה לפירוק עמותה לבית המשפט, הן במקרה של חדלות פרעון, אך גם כאשר פעולות העמותה מתנהלות בניגוד לחוק, למטרותיה או לתקנונה, או כאשר העמותה או מטרותיה מכוונות לשלילת קיומה של מדינת ישראל או אופייה הדמוקרטי. או כאשר קיימת סיבה אחרת מן היושר ומן הצדק לפרק את העמותה. בנוסף לכך, רשם העמותות רשאי למחוק מפנקס העמותות, כל עמותה שחדלה מפעילות.

רשם העמותות מקיים תוכניות הבראה לעמותות שבתפקודן נתגלו ליקויים משמעותיים, וככל שהן מצליחות לעמוד בתוכנית ולהשתקם, הן חוזרות לפעילות רגילה. כאשר עמותה אינה מצליחה לתקן ליקויים או כאשר הליקויים חמורים במיוחד, פונה רשם העמותות לבית המשפט באמצעות יחידת אכיפה ובקרה ברשות התאגידים, בבקשה לפרק את העמותה, ובמהלך ניהול התיק מתקבלת ההכרעה אם העמותה פונה להליך של הבראה , או להליך של פירוק וחיסול והעברת נכסיה לעמותה עם מטרות דומות.