בשנת 1939 חסיד אומות העולם צ'יאונה סוגיהארה, הקונסול היפני בקובנה שבליטא, העניק ליהודים רבים אשרות כניסה ליפן. כ-5,000 יהודים, חלקם אזרחי פולין שנמלטו לליטא, וחלקם תושבי ליטא, ובהם בחורי ישיבה רבים בעיקר תלמידי ישיבת מיר, ישיבת חכמי לובלין וישיבת תומכי תמימים, יצאו בזכות פעילות זו מליטא, ועמם ראש ישיבת מיר הרב חיים שמואלביץ המשגיח רבי יחזקאל לוינשטיין, והאדמו"ר מאמשינוב רבי שמעון שלום קאליש. הם נמלטו לקוֹבה שביפן דרך סיביר ברכבת הטרנס-סיבירית, שם שהו כתשעה חודשים.
לפני ששירת באירופה, שימש סוגיהארה כדיפלומט ברפובליקה העממית של סין, וקנה לעצמו מעמד כה גבוה בשל הצלחות כמו קניית רכישת מסילת הרכבת הצפונית במנצ'וריה (שהייתה אז מדינת בובה של יפן) מידי ברית המועצות, בחצי המחיר שדרשו הסובייטים. מעמדו אפשר לו להישאר בשירות החוץ של יפן, למרות התפטרותו מהשירות בסין, כמחאה על הזוועות שנעשו תחת הכיבוש היפני.